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学院下设数学系、应用数学系、计算科学系、统计与运筹系。
数学研究所和数学实验中心有：
“数学、信息与行为”教育部重点实验室
教育部教育装备数字化研究中心
北京航空航天大学“复杂系统与科学计算国际研究中心”
2010年获批教育部应用数学创新团队
华罗庚数学拔尖学生培养基地获批“国家基础学科拔尖学生培养计划2.0”
数学拔尖学生培养模式改革（华罗庚数学实验班）虚拟教研室
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